Najczęstszymi chorobami układu moczowo-płciowego są zapalenia, które mogą dotyczyć wszystkich jego elementów (np. pęcherzyków nasiennych), ich przyczyną są przede wszystkim bakterie najczęściej Escherichia coli na prąciu, Enterococcus faecalis, Chlamydia, Ureoplasma, Mycoplasma, a także grzyby, najczęściej Candida albicans. Z tego powodu podczas diagnostyki niepłodnego mężczyzny lekarz zleca posiew nasienia (badanie nasienia).

Każda infekcja, nie tylko w układzie moczowo-płciowym, może obniżać jakość nasienia, a tym samym zmniejsza szansę na ciążę, dlatego konieczne jest jej leczenie.

Zakażenia leczy się zgodnie z wynikiem wrażliwości bakterii/grzybów na poszczególne antybiotyki (antybiogram). Leczeniu poddaje się jednoczasowo mężczyznę (leczenie bakterii w spermie) i kobietę, zawsze kontroluje się jego skuteczność. Prezerwatywa jest skutecznym środkiem zapobiegającym przenoszeniu zakażeń drogą płciową (infekcje narządów płciowych).

Przewlekłe choroby układu moczowo-płciuowego (np. nerek, pęcherza moczowego, gruczołu krokowego) wymagają starannej diagnostyki i terapii, z uwzględnieniem wpływu na płodność pacjenta. Przykładowo, przewlekłe kłebuszkowe zapalenie nerek wymaga zastosowania sterydoterapii, cytostatyków i leczenia immunologicznego, które mogą niekorzystnie wpływać na wytwarzanie plemników. Równie niekorzystna sytuacja jest u pacjentów po przeszczepieniu nerek, u których po operacji są leki hamujące reakcje odrzucenia narządu. Leczenie zabiegowe poprzez cewkę moczową kamicy może być przyczyną niedrożności dróg wyprowadzających plemniki i ich braku w nasieniu (azoospermii). Łagodny rozrost gruczołu krokowego jest leczony farmakologicznie lub operacyjnie. Leczenie to może być przyczyną zaburzeń wzwodu i wytrysku (brak lub wytrysk wsteczny- do pęcherza moczowego), a także obniżenia liczebności plemników.

Urazy układu moczowo-płciowego związane są przede wszystkim ze wzrastającą popularnością pojazdów jednośladowych (rower, skuter, motocykl), a także ekstremalnych sportów (np. paralotnią, jazda na desce snowboardowej, deskorolce, skoki do nieznanych zbiornikó wodnych). Ich skutkiem może być m.in. uszkodzenie jąder, prącia, rdzenia kręgowego, co obniża lub wręcz uniemożliwia zdolność zapłodnienia partnerki.

Choroby nowotworowe dotyczą wszystkich elementów układu moczowo-płciowego. Nowotwory jąder są najczęstszym nowotworem złośliwym u mężczyzn w okresie reprodukcyjnym (20-44 rok życia). Leczenie nowotworów jąder jest zawsze operacyjne, a często drugą linią leczenie jest chemioterapia i radioterapia.

Terapia onkologiczna często uszkadza płodność mężczyzny, dlatego przed zastosowaniem tego leczenia wskazane jest zamrożenie (krioprezerwacja) nasienia. Jeśli są obecne plemniki w nasieniu będzie je można wykorzystać do zapłodnienia z zastosowaniem technik wspomaganego rozrodu.

Żylaki powrózka nasiennego to poszerzenie naczyń żylnych otaczających nasieniowód. Żylaki dużego stopnia, zwłaszcza obustronne, zaburzają krążenie krwi w obrębie jąder, powodują ich przegrzewanie, są przyczyną stresu oksydacyjnego. Na skutek tych niekorzystnych zjwisk dochodzi do zahamowania spermatogenezy, uszkodzenia plemników. Żylaki powrózka nasiennego leczy się chirurgicznie.